Cerca de 17% do Estado do Rio de Janeiro são cobertos pela Mata Atlântica e seus ecossistemas associados, como floresta ombrófila densa, floresta estacional decidual, floresta estacional semidecidual (ou “mata de tabuleiro”), manguezais, restingas, campos de altitude e brejos. Na capital, sua exuberância está em duas unidades de conservação: o Parque Nacional da Tijuca, maior floresta plantada pelo homem, e o Parque Estadual da Pedra Branca, maior floresta urbana do mundo.
A Mata Atlântica também se destaca pelos rios, lagoas e baías. Fazem parte do bioma as lagoas Marapendi, Jacarepaguá, Rodrigo de Freitas, Araruama, Saquarema e Maricá, entre outras. Os rios mais importantes são Paraíba do Sul, Pomba, Muriaé, Piabinha, Piraí, Paraibuna, São João, Magé e Guandu. Somam-se também as baías da Ilha Grande, Sepetiba e da Guanabara.

A Cedae, por meio do programa socioambiental Replantando Vida, iniciou o projeto de recuperação da mata ciliar às margens do Rio Guandu. A iniciativa prevê o plantio de 1 milhão de árvores em até cinco anos em uma faixa de 500 hectares, o que corresponde a mais de 700 gramados do Maracanã. Ações de reflorestamento são importantes para combater a escassez de água, erosão e assoreamento e fazem parte do compromisso da Cedae com os Objetivos de Desenvolvimento Sustentável das Nações Unidas (ONU).
Ao longo dos próximos cinco anos, a Cedae oferecerá capacitação técnica na área ambiental para mil apenados participantes do programa Replantando Vida, mobilizando, em média, 200 por ano. Eles vão atuar desde a coleta das sementes, germinação e produção das mudas florestais, plantio e manutenção até o monitoramento do reflorestamento.